Летопись войн в школе Мурё

Семнадцатилетний Шиничи Кудо известен как способный старшеклассник, помогающий полиции в расследовании сложных преступлений. После посещения парка аттракционов с подругой детства Ран Мори он замечает подозрительную сделку между членами преступной организации. Шиничи следует за ними, но попадается на глаза одному из участников. Его оглушают и насильно вводят экспериментальный препарат, после чего подросток теряет сознание.

Очнувшись, Шиничи обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Препарат изменил физическое состояние, но не затронул интеллект и память. Понимая, что организация будет искать его, Шиничи решает скрыть свою личность. Он поселяется в доме Ран, чей отец Когоро Мори работает частным детективом. Под видом дальнего родственника мальчик начинает жить в новой семье.

Способности к дедукции остаются при Шиничи, и он тайно помогает Когоро в расследовании дел. Под псевдонимом Конан Эдогава мальчик использует уменьшенный рост и голос, чтобы незаметно подсказывать детективу верные решения. Параллельно он пытается найти способ вернуть прежнее тело, собирая информацию о препарате и организации, его создавшей.